Единицата за управување со фондот (ЕУФ) е основана од страна на консалтинг конзорциумот во својство на имплементатор со цел да се поддржи Секретаријатот на WB6-CIF во секојдневното управување и финансиско управување на Фондот. Единицата за управување со фондот е задолжена за организирањето на отворени повици и за процесот на селекција, за обезбедување на техничка поддршка за проектите, набавките, известувањето и низа други различни задачи. Покрај ова, ЕУФ има тенденција да воспостави посеопфатен дијалог со засегнатите страни во однос на научените лекции од постоечките иницијативи за СОО. Единицата за управување со фондот е составена од меѓународен тим на експерти кои имаат искуство во проекти за развој, финансии, управување и СОО. Група на избрани стручњаци за СОО го поддржува работењето на ЕУФ и тие имаат значајна улога како независни оценувачи на проектните предлози.